Sytuacja polityczna AK stała się skomplikowana, kiedy Armia Czerwona w pogoni za Niemcami przekroczyła granice II RP w styczniu 1944 roku. Rząd polski na uchodźstwie, od ujawnienia prawdy o zbrodni katyńskiej wiosną 1943 nie utrzymywał oficjalnych relacji dyplomatycznych z ZSRS. W tej sytuacji AK podejmowała działania przeciwko Niemcom bez koordynacji z Armią Czerwoną. W ramach realizowania akcji „Burza” od styczniu 1944 roku. organizowała lokalne powstania na tyłach Niemców, chcąc występować na wyzwolonych terenach wobec Armii Czerwonej jako gospodarze. Sowieci korzystali ze wsparcia AK, jednak po skończonych walkach rozbrajali polskie oddziały, aresztowali ich dowódców, a żołnierzy albo wcielali do utworzonych przez Stalina jednostek Ludowego Wojska Polskiego, albo wywozili do obozów na tereny ZSRS.

Stolica Polski nie była objęta planem „Burza”. Kiedy jednak Armia Czerwona zbliżała się do Warszawy dowództwo Armii Krajowej podjęło decyzję o wywołaniu powstania. Powstanie Warszawskie wybuchło 1 sierpnia 1944 roku, i skończyło się po 63 dniach porażką.

Do grudnia 1944 ziemie polskie na wschód od Wisły były zajęte przez Armię Czerwoną. Stalin 31 grudnia powołał marionetkowy Rząd Tymczasowy Rzeczypospolitej Polskiej. W obliczu nowej, sowieckiej okupacji władze polskie w Londynie uznały konieczność reorganizacji struktur konspiracyjnych. Działania wobec sowieckiego okupanta i stworzonych przez niego władz komunistycznych wymagały innej strategii i metody działania. 19 stycznia 1945 roku formalnie rozwiązano Armię Krajową. Decyzja ta miała m.in. uniemożliwić Sowietom oskarżanie AK o wrogie działania i ściganie za przynależność do organizacji zbrojnej uznawanej prze Sowietów i podporządkowane im władze komunistyczne za nielegalną. Większość żołnierzy AK była stopniowo demobilizowna. Jednocześnie w konspiracji zaczęto tworzyć kadrowe struktury konspiracyjne przekształcone później w organizację Wolność i Niezawisłość.

Polityka niemiecka w stosunku do ludności podbitych ziem polskich cechowała się szczególną brutalnością i bezwzględnością. Niemal od pierwszych dni okupacji Niemcy zaczęli niszczyć polską inteligencję. Mordowano lub zsyłano do obozów koncentracyjnych ludzi nauki, nauczycieli, urzędników, przedwojennych polityków. Podobną politykę w tym samym czasie prowadzili Sowieci.

Jeszcze gorszy los Niemcy wyznaczyli ludności żydowskiej. Zaczęto gromadzić ją w wyznaczonych częściach miast, stopniowo oddzielając je murami i zasiekami, w ten sposób tworząc getta. Pozbawiano Żydów majątku, a przydziały kartek żywnościowych stopniowo były zmniejszane, tak że wielu umierało z niedożywienia i chorób. Polityka niemiecka jeszcze bardziej zbrutalizowała się po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej w czerwcu 1941 roku. Oddziały niemieckie na zdobywanych terenach dokonywały masowych mordów ludności żydowskiej.

Równolegle Niemcy rozpoczęli przygotowania do masowej eksterminacji Żydów. W końcu grudnia 1941 roku uruchomiono ośrodek zagłady Kulmhof (Chełmno nad Nerem). W styczniu 1942 roku Niemcy podjęły decyzję o „ostatecznym rozwiązaniu kwestii żydowskiej”. Oznaczało to, że wszyscy Żydzi mieli zostać wymordowani. W lipcu rozpoczęły się wywózki z getta warszawskiego do obozu zagłady w Treblince. Uruchamiano kolejne obozy śmierci, w tym Auschwitz II (Birkenau) i Sobibór. Izolowaniu Żydów towarzyszyło wprowadzenie przez Niemców kary śmierci dla Polaków, którzy ukrywaliby uciekinierów lub w inny sposób nieśli im pomoc.

Do komunikacji pomiędzy rządem na uchodźstwie a strukturami Polskiego Państwa Podziemnego wykorzystywano tajnych wysłanników. Emisariusze nie tylko przewozili dokumenty, ale również przekazywali ustne informacje i instrukcje od przywódców politycznych i wojskowych.

Jednym z takich emisariuszy był Jan Kozielewski, występujący pod konspiracyjnym nazwiskiem Jan Karski. Trzykrotnie realizował niebezpieczne misje z i do okupowanej Polski. Szczególnej wagi była jego ostatnia misja, z którą wyruszył jesienią 1942 roku. Przed wyjazdem z Warszawy Karski, oprócz rozmów z przywódcami polskich ugrupowań politycznych, spotkał się z przywódcami żydowskimi. Na ich prośbę dwukrotnie przekradł się do warszawskiego getta i do obozu w Izbicy, naocznie przekonując się o nieprawdopodobnych cierpieniach Żydów.

Raporty Polskiego Państwa Podziemnego, w tym świadectwo, które złożył Karski, stały się podstawą noty, którą polski minister spraw zagranicznych Edward Raczyński skierował 10 grudnia 1942 roku do państw sygnatariuszy Deklaracji Narodów Zjednoczonych. Nota jest prawdopodobnie pierwszym dokumentem międzynarodowym opisującym Holokaust i zawierającym wezwanie do wspólnych działań państw koalicji antyniemieckiej i ukarania winnych zbrodni. Nota Raczyńskiego została opublikowana jako broszura „The Mass Extermination of Jews in German Occupied Poland”, którą kolportowały polskie placówki dyplomatyczne.

Polska była związana sojuszem politycznym i wojskowym z Francją, a kilka dni po odrzuceniu żądań Hitlera, 31 marca 1939 roku Wielka Brytania ogłosiła udzielenie Polsce gwarancji pomocy militarnej na wypadek konfliktu zbrojnego z Niemcami. Kilka dni później także Francja potwierdziła oficjalnie swoje zobowiązania wobec Polski. Berlin zareagował zerwaniem polsko-niemieckiego paktu o nieagresji. Hitler uczynił to podczas przemówienia w Reichstagu 28 kwietnia 1939 roku. Odpowiedzią na to wystąpienie była mowa wygłoszona w Sejmie przez Józefa Becka, polskiego ministra spraw zagranicznych. Transmitowane przez radio emocjonalne przemówienie wywarło na społeczeństwie olbrzymie wrażenie, a jego ostatni akapit jest uznawany za jedną z najważniejszych mów politycznych w historii XX-wiecznej Polski.

Niemieckie żądania i towarzyszące im gwarancje nienaruszalności granic nie miały żadnego znaczenia. W chwili ich zgłoszenia, przygotowania planu ataku na Polskę były już zaawansowane. Niemcy dokonały inwazji na Polskę 1 września 1939 roku.