Sytuacja polityczna AK stała się skomplikowana, kiedy Armia Czerwona w pogoni za Niemcami przekroczyła granice II RP w styczniu 1944 roku. Rząd polski na uchodźstwie, od ujawnienia prawdy o zbrodni katyńskiej wiosną 1943 nie utrzymywał oficjalnych relacji dyplomatycznych z ZSRS. W tej sytuacji AK podejmowała działania przeciwko Niemcom bez koordynacji z Armią Czerwoną. W ramach realizowania akcji „Burza” od styczniu 1944 roku. organizowała lokalne powstania na tyłach Niemców, chcąc występować na wyzwolonych terenach wobec Armii Czerwonej jako gospodarze. Sowieci korzystali ze wsparcia AK, jednak po skończonych walkach rozbrajali polskie oddziały, aresztowali ich dowódców, a żołnierzy albo wcielali do utworzonych przez Stalina jednostek Ludowego Wojska Polskiego, albo wywozili do obozów na tereny ZSRS.

Stolica Polski nie była objęta planem „Burza”. Kiedy jednak Armia Czerwona zbliżała się do Warszawy dowództwo Armii Krajowej podjęło decyzję o wywołaniu powstania. Powstanie Warszawskie wybuchło 1 sierpnia 1944 roku, i skończyło się po 63 dniach porażką.

Do grudnia 1944 ziemie polskie na wschód od Wisły były zajęte przez Armię Czerwoną. Stalin 31 grudnia powołał marionetkowy Rząd Tymczasowy Rzeczypospolitej Polskiej. W obliczu nowej, sowieckiej okupacji władze polskie w Londynie uznały konieczność reorganizacji struktur konspiracyjnych. Działania wobec sowieckiego okupanta i stworzonych przez niego władz komunistycznych wymagały innej strategii i metody działania. 19 stycznia 1945 roku formalnie rozwiązano Armię Krajową. Decyzja ta miała m.in. uniemożliwić Sowietom oskarżanie AK o wrogie działania i ściganie za przynależność do organizacji zbrojnej uznawanej prze Sowietów i podporządkowane im władze komunistyczne za nielegalną. Większość żołnierzy AK była stopniowo demobilizowna. Jednocześnie w konspiracji zaczęto tworzyć kadrowe struktury konspiracyjne przekształcone później w organizację Wolność i Niezawisłość.

22 lipca 1942 roku  rozpoczęła się likwidacja getta warszawskiego, największego getta żydowskiego założonego przez Niemców w okupowanej Polsce. Był to element akcji „Reinhard” czyli szeroko zakrojonego planu wymordowania Żydów na terenie Generalnego Gubernatorstwa oraz okręgu białostockiego.

Protest miał uwrażliwić Polaków – katolików na los Żydów i zachęcić ich do okazywania sprzeciwu wobec zbrodniczych działań realizowanych przez III Rzeszę. W warunkach terroru okupacyjnego było to niezwykle trudne, lecz skomplikowanie to wynikało również z przedwojennych relacji polsko-żydowskich. Żydzi, stanowiąc ok. 10 proc. polskiego społeczeństwa byli w II Rzeczypospolitej jedną z największych mniejszości etnicznych i religijnych. Wiele organizacji o charakterze narodowym i chadeckim używało antysemickich haseł, m.in. domagając się przymusowej emigracji Żydów do Palestyny. Polskie ugrupowania wywodzące się z Narodowej Demokracji postulowały ograniczanie praw Żydów, nigdy jednak nie domagały się ich fizycznej eksterminacji. Front Odrodzenia Polski, będący kontynuacją przedwojennej Akcji Katolickiej, współzałożony przez Zofię Kossak-Szczucką nie zwalczał uprzedzeń wobec Żydów, był jednak przerażony niemiecką ludobójczą wersją antysemityzmu. Front Odrodzenia Polski jak również wiele innych środowisk prawicowych, niewolnych od antyżydowskich uprzedzeń, w obliczu bezprecedensowego wydarzenia jakim była Zagłada współorganizowało akcje pomocy Żydom. Sama Zofia Kossak-Szczucka, 27 września 1942 roku znalazła się wśród założycieli konspiracyjnego Tymczasowego Komitetu Pomocy Żydom „Żegota” – wspólnego przedsięwzięcia organizacji prawicowych i lewicowych pod auspicjami Polskiego Państwa Podziemnego. W 1982 roku Zofia Kossak-Szczucka została pośmiertnie uhonorowana tytułem „Sprawiedliwy wśród Narodów Świata”.

W obliczu internowania, uniemożliwiającego pełnienie stanowiska, prezydent postanowił, zgodnie z zapisami Konstytucji RP z 1935 r., wyznaczyć swojego następcę na czas wojny. Został nim gen. Bolesław Wieniawa-Długoszowski, ambasador RP we Włoszech. Przeciwko temu wyborowi zaprotestowały jednak władze francuskie i brytyjskie, co groziło poważnym kryzysem politycznym. W obliczu tego Mościcki zmienił swoją decyzję i wyznaczył na swojego następcę Władysława Raczkiewicza. Ten zaś powierzył misję tworzenia nowego rządu gen. Władysławowi Sikorskiemu, reprezentantowi przedwojennej opozycji. Dzięki temu nowy premier nie kojarzył się z poniesioną porażką, ale był zarazem człowiekiem znanym zarówno w Polsce, jak i zagranicą, oraz cieszącym się zaufaniem aliantów.

Sikorski stworzył rząd jedności narodowej, do którego weszli przedstawiciele Sanacji, jak i opozycji – socjalistów, chadeków, ludowców i nacjonalistów. Odezwa z 6 października 1939 roku była niezwykle istotnym, symbolicznym znakiem tego, że pomimo klęski ciągłość legalnej władzy polskiej została zachowana. Nowy rząd konsekwentnie zadeklarował gotowość kontynuowania walki z Niemcami u boku Wielkiej Brytanii i Francji, a jednocześnie wszyscy Polacy wezwani zostali w niej do dalszej walki. Na to wezwanie Polacy odpowiedzą zgłaszając się do jednostek Wojska Polskiego tworzonych na terenie państw sprzymierzonych, jak i organizując ruch oporu w kraju.