Uniwersał miał niewielki wpływ na sytuację chłopów ze względu na szybki upadek insurekcji. Stał się jednak legendą, do której odwoływały się późniejsze ruchy insurekcyjne i demokratyczne, dążące do poprawy bytu chłopów, nadania im wolności, własności i praw obywatelskich oraz wciągnięcia ich do walki i pracy na rzecz niepodległości Polski.

Ustawa rządowa składała się z preambuły i 11 rozdziałów, wprowadzała trójpodział władzy w Rzeczypospolitej na ustawodawczą (Sejm i Senat), wykonawczą (król) i sądowniczą. Zniesiono liberum veto, uchwały miały być podejmowane większością głosów. Władza wykonawcza spoczywała w rękach rady królewskiej (Straż Praw), której przewodniczył król, a w jej składzie zasiadało pięciu wskazanych przez niego ministrów odpowiedzialnych przed Sejmem, prymas, następca tronu, marszałek Sejmu i dwóch sekretarzy. Zamiast wolnej elekcji wprowadzała dziedzictwo tronu, który ofiarowano saskiej dynastii Wettinów. Konstytucja gwarantowała wolność wyznania, traktując jednocześnie religię katolicką jako panującą. Zapewniała uprzywilejowaną pozycję szlachty, ale potwierdzała prawa mieszczan nadane we wcześniejszej ustawie o miastach (stwarzała szerokie możliwości nobilitacji mieszkańców miast królewskich, pozwalała im na posiadanie ziemi i piastowanie urzędów).

Próby przeprowadzenia reform zawartych w ustawie rządowej zostały zniweczone już w połowie 1792 roku przez Konfederację Targowicką oraz wkroczenie wojsk rosyjskich do Rzeczypospolitej.

Ustawa rządowa, pierwsza nowoczesna polska konstytucja (druga na świecie po amerykańskiej), była wyrazem świadomości politycznej i obywatelskiej elit Rzeczypospolitej w momencie jej głębokiego kryzysu. W okresie zaborów Konstytucja 3 Maja stała się symbolem dążeń niepodległościowych narodu, odwoływali się do niej twórcy konstytucji polskich w XX wieku.

W celu zaradzenia kryzysowi utworzono Komisję Edukacji Narodowej (KEN). Powstała ona formalnie na mocy uchwały Sejmu z 14 października 1773 i przejęła majątek skasowanego zakonu jezuitów. Inicjatorem jej powstania był ksiądz Hugo Kołłątaj (1750-1812), który jednak nie wszedł ani w jej skład, ani w skład Towarzystwa do Ksiąg Elementarnych. To drugie, utworzone 10 lutego 1775 roku w Warszawie, zajmowało się opracowaniem i wydawaniem podręczników oraz programów szkolnych. Jego inicjatorem i sekretarzem był ksiądz Grzegorz Piramowicz (1735-1801).

Grunt dla działalności KEN stworzyły idee oświeceniowe. Zadaniem Komisji stało się opracowanie nowego programu nauczania, reorganizacja oraz stworzenie od podstaw systemu szkół średnich czy utworzenie seminariów nauczycielskich przy uniwersytetach (również reformowanych). Ograniczono naukę języka łacińskiego, rozszerzając nauczanie w języku polskim, a także wprowadzono regularną naukę przedmiotów ścisłych – historii naturalnej, fizyki, geometrii. Niektóre z podręczników opracowanych w tym czasie pozostawały w użyciu przez cały wiek XIX. Poprzez swoje działania KEN przyczyniała się do laicyzacji i upaństwowienia szkolnictwa w Rzeczypospolitej Obojga Narodów, a także do kreowania nowego wzorca osobowego obywatela-ziemianina i rozpowszechnienia ważnej doktryny społeczno-ekonomicznej oświecenia: fizjokratyzmu.

W Uniwersale z dnia 24 października 1773 r. Komisja zapowiada reformę polskiej edukacji i zainicjowanie działalności od określenia swych celów. Składały się na nie m.in. nadanie kształceniu i wychowaniu polskiej młodzieży charakteru narodowego i obywatelskiego.

Kierunek proponowanych reform społeczno-ustrojowych, a przede wszystkim działania ambasadora rosyjskiego Nikołaja Repnina (m.in. forsowanie projektu przyznania praw politycznych innowiercom, które ostatecznie weszło w skład tzw. praw kardynalnych, czyli zasad ustroju Rzeczypospolitej, gwarantowanych przez Rosję) oburzały szerokie rzesze szlachty uczestniczącej w życiu publicznym. Przywódcy opozycji (m.in. biskup kamieniecki Adam Stanisław Krasiński) występującej przeciwko postawie króla i bliskiego mu stronnictwa, opracowali plan zawiązania konfederacji. Jej celem miała być detronizacja Poniatowskiego, wojna z Rosją i reforma państwa.

Z końcem lutego 1768 roku w Barze, mieście w Podolu na dzisiejszej Ukrainie, zgromadziło się liczne ochotnicze wojsko, częściowo złożone ze zbuntowanych oddziałów armii koronnej. Obecni byli m.in. Pułascy: Józef, ogłoszony marszałkiem związku wojskowego i jego syn Kazimierz, późniejszy bohater wojny o niepodległość Ameryki, jeden z najważniejszych dowódców konfederacji. Akt założenia konfederacji, ogłoszony przy tej okazji, uznawał za nieobowiązujące wszystkie uchwały sejmowe powzięte pod przemocą. Naczelne hasło konfederatów brzmiało: „wiara i wolność”. Konfederacja została ostatecznie stłumiona w 1772 r. i stała się pretekstem do pierwszego rozbioru Rzeczpospolitej.

Wokół konfederacji narosła czarna i biała legenda. Za pierwszą odpowiada ton oświeceniowej publicystyki, piętnującej rzekome sarmackie wstecznictwo, z którym utożsamiano uczestników konfederacji. Zgoła inne było romantyczne odczytanie dziejowej roli wydarzeń lat 1768-1772: utwory takie jak Pamiątki Soplicy Henryka Rzewuskiego, Pieśni Janusza Wincentego Pola czy Ksiądz Marek Juliusza Słowackiego przyczyniły się do uwznioślenia konfederacji barskiej. poprzez włączenie jej w ciąg tradycji niepodległościowej, wraz z powstaniem kościuszkowskim, czynem legionowym i powstaniem listopadowym.

W konsekwencji, regularnie wybuchały bunty kozackie, stawiające sobie za cel zwiększenie rejestru, oraz uzyskanie gwarancji praw, zabezpieczającej przed narzuceniem Kozakom statusu chłopskiego. Największy z buntów nastąpił w 1648 r., pod wodzą Bohdana Chmielnickiego, a osłabiona Rzeczpospolita, okazała się wobec niego bezradna. Kilka kompromitujących klęsk militarnych doprowadziło do umocnienia się buntowników na południowo-wschodnich ziemiach, nad którymi Warszawa straciła kontrolę. Przeciągająca się wojna, której żadna ze stron nie mogła rozstrzygnąć na swoją korzyść, doprowadziła do wyniszczenia ziem ukrainnych, jak również do znacznego obciążenia ekonomicznego Rzeczypospolitej. Kozacy wciągnęli również do wojny Moskwę, poddając Ukrainę władzy carskiej.

Kiedy hetmanem powstania został Iwan Wyhowski, przewagę wśród Kozaków zdobyli zwolennicy porozumienia z Polakami. Również po stronie polskiej dominowała chęć zakończenia wyniszczającej wojny. W konsekwencji, w 1658 r. zawarto Ugodę Hadziacką. Przekształcała ona Rzeczpospolitą Obojga Narodów w Rzeczpospolitą Trojga Narodów, przyznając odrębny status ziemiom, na których żyli Kozacy. Zakładała ona gwarancję praw ludności prawosławnej, a także stopniową nobilitację Kozaków. Powołano oddzielną drabinę urzędów dla ziem ukrainnych, które miały być obsadzone wyłącznie ludźmi z nich pochodzącymi, zaś szlachta mogła powrócić do swoich majątków.

Spory o to, czy Ugoda Hadziacka miała szanse zakończyć niszczącą wojnę domową trwają do dziś. Wkrótce po zawarciu unii, z inspiracji rosyjskiej przeciwko Wyhowskiemu zbuntowali się szeregowi Kozacy. Został on pozbawiony buławy hetmańskiej, a wojna z Rzeczpospolitą została wznowiona.

Prawdziwą katastrofą okazał się najazd szwedzki w 1655 roku. Wobec zajęcia większej części Wielkiego Księstwa Litewskiego i Ukrainy przez Rosję oraz sprzymierzonych z nią Kozaków, znaczna część magnaterii i szlachty skonfliktowana z królem Janem Kazimierzem poddawała się Szwedom niemal bez walki. Jan Kazimierz musiał uchodzić za granicę. Jednak łupiestwa żołnierzy szwedzkich i służących w szeregach armii niemieckich żołnierzy najemnych w połączeniu z ich odmiennym wyznaniem (luteranizm) pobudziły rychło do oporu tak plebejskie masy, jak i szlachtę. Punktem zwrotnym wojny stała się skuteczna obrona klasztoru jasnogórskiego w końcu 1655 roku gdzie przechowywany jest otoczony kultem obraz Matki Boskiej (w czasie oblężenia obraz znajdował się na habsburskim Śląsku).

Dwór królewski wykorzystał ten fakt propagandowo, kiedy na przełomie 1655 i 1656 roku Jan Kazimierz wrócił do kraju. Ośrodkiem organizowania walki z najeźdźcami stał się Lwów, dokąd Szwedzi nie dotarli. Tamże 1 kwietnia 1656 roku w miejscowej katedrze przy ołtarzu Matki Boskiej Łaskawej, Jan Kazimierz złożył uroczyste ślubowanie, ogłaszając Matkę Boską Królową Korony Polskiej i obiecując ulgi dla uciskanego stanu chłopskiego. W ten sposób władca sankcjonował religijny charakter wojny z luterańskimi Szwedami i czynił ukłon w stronę ludu, wykorzystując jego zapał do walki z wrogiem. Uroczystą Mszę świętą w katedrze lwowskiej sprawował nuncjusz papieski, Pietro Vidoni, obecni byli liczni towarzyszący królowi dygnitarze. Pomimo niezrealizowania programu społecznego ślubów lwowskich, przeszły one do historii Polski jako ważny moment przebudzenia narodowego i symbol jedności wobec zewnętrznego zagrożenia.

Król Jan Kazimierz, pokonany przez Szwedów w bitwie, uciekł na Śląsk, na tereny znajdujące się pod panowaniem habsburskim. Szlachta, wraz z urzędnikami królewskimi przyjęła króla Szwecji za króla Polski, w zamian za gwarancje praw. Jednocześnie hetman wielki litewski Janusz Radziwiłł poddał Szwedom Wielkie Księstwo Litewskie. Z czasem jednak, Szwedzi zaczęli traktować zajęte ziemie coraz surowiej. Wywozili z nich kosztowności i dzieła sztuki. Akceptowali rabowanie chłopów przez żołnierzy. Aby utrudnić zbiegłemu królowi kontakt z krajem, Szwedzi zaczęli zajmować miasta i fortece leżące na pograniczu ze Śląskiem. Wtedy stanęli pod ufortyfikowanym klasztorem jasnogórskim, najważniejszym sanktuarium maryjnym w Królestwie polskim, podejmując próbę zajęcia klasztoru siłą.

Podniesienie ręki na sanktuarium, połączone z innymi postępkami Szwedów oburzyło szlachtę, która zaczęła ponownie popierać Jana Kazimierza. W tych okolicznościach, w grudniu 1655 roku zebrali się w Tyszowcach hetmani koronni z wojskiem, przedstawiciele rozczarowanej szlachty oraz zbuntowanych przeciwko Radziwiłłowi wojsk litewskich. Postanowili oni zawiązać konfederację, czyli zbrojny związek obywateli, powołany w celu dochodzenia naruszonych praw. Konfederaci zadeklarowali wierność Janowi Kazimierzowi, zobowiązali się walczyć ze Szwedami oraz zwołali pospolite ruszenie. Konfederacja tyszowiecka uznawana jest za symboliczny punkt zwrotny w wojnie polsko-szwedzkiej, która zmieniła się z triumfalnego pochodu najeźdźców w ciężką i krwawą wojnę, zakończoną w 1660 r. pokojem oliwskim i wycofaniem Szwedów.

Jednocześnie, pojawiła się tendencja dążąca do zjednoczenia po stronie katolickiej. Kościół katolicki przechodził ówcześnie okres intensywnych reform, związanych z soborem trydenckim. Ton narzucali w nim jezuici, mający znaczny wpływ na polskiego króla, oraz na bieg spraw państwowych w ogóle. Piotr Skarga, ich najwybitniejszy przedstawiciel, napisał dzieło poświęcone zjednoczeniu kościołów, pt. O rządzie i jedności Kościoła Bożego pod jednym pasterzem. Czytał je sam król Zygmunt III, który, dostrzegając również zagrożenie podporządkowania polskich prawosławnych Moskwie, stał się zwolennikiem unii kościołów. Jednocześnie jezuici stworzyli sieć szkół oferujących wysoki poziom nauczania, które stały się bardzo popularne wśród szlachty prawosławnej. W szkołach tych budowano pozytywny wizerunek kościoła katolickiego, co z czasem spowodowało, że również szlachta prawosławna stała się bardziej przychylna Rzymowi.

W tych okolicznościach, biskupi będący zwolennikami unii rozpoczęli rokowania z królem i hierarchami katolickimi. W 1595 roku przedstawiciele polskich prawosławnych udali się do Rzymu, gdzie złożyli wyznanie wiary przed papieżem, oraz uzgodnili warunki unii. Zakładały one zachowanie dotychczasowej obrzędowości, kalendarza oraz hierarchii kościelnej, a także podporządkowanie się papieżowi. Wkrótce zwołano synod w Brześciu, na którym podpisano akt unii – utworzenia kościoła zwanego odtąd greckokatolickim lub też unickim. Mniejsza część duchowieństwa nie przystała do unii, pozostając przy prawosławiu, nazywając ich odtąd dyzunitami.

Orzeczenia sądów pierwszej instancji nie musiały kończyć postępowania. Gdy pozwany skorzystał z procedur odwoławczych, sprawa trafiała przed sąd drugiej instancji: wiecowy (wygasły w XV wieku) oraz królewski. Jednak w sytuacji, gdy król był ostateczną instancją apelacyjną, to w państwie tak rozległym jak Rzeczpospolita, rozsądzenie wszystkich spraw było niemożliwe. Pomimo to, dyskusje o reformie wymiaru sprawiedliwości trwały blisko 40 lat. Z jednej strony król Zygmunt August bronił swojej prerogatywy apelacyjnej nad wszystkimi poddanymi, a z drugiej strony opinia szlachecka bała się wzmocnienia roli senatu. Były to bowiem czasy ruchu egzekucyjnego, stanowczo walczącego o wzrost znaczenia mas szlacheckich na niekorzyść magnatów, z których składał się senat.

Do kompromisu dał się ostatecznie namówić król Stefan Batory. W 1578 roku sądownictwo prawa polskiego oddzielono od monarchy, powołując Trybunał Generalny Koronny. Podobne instytucje powstały dla Litwy (1581), Prus (1585) oraz Ukrainy (1589-1590). Członkami Trybunału byli sędziowie, zwani deputatami, których w liczbie dwudziestu siedmiu corocznie wybierano na sejmikach deputackich. Poważniejsze zmiany w wyborze sędziów przyniosła dopiero konstytucja z roku 1764, gdy nałożona na kandydatów obowiązek legitymowania się wiedzą prawniczą, posiadania dóbr ziemskich co najmniej od roku, nie procesowania się i niekaralności.