Sytuacja polityczna AK stała się skomplikowana, kiedy Armia Czerwona w pogoni za Niemcami przekroczyła granice II RP w styczniu 1944 roku. Rząd polski na uchodźstwie, od ujawnienia prawdy o zbrodni katyńskiej wiosną 1943 nie utrzymywał oficjalnych relacji dyplomatycznych z ZSRS. W tej sytuacji AK podejmowała działania przeciwko Niemcom bez koordynacji z Armią Czerwoną. W ramach realizowania akcji „Burza” od styczniu 1944 roku. organizowała lokalne powstania na tyłach Niemców, chcąc występować na wyzwolonych terenach wobec Armii Czerwonej jako gospodarze. Sowieci korzystali ze wsparcia AK, jednak po skończonych walkach rozbrajali polskie oddziały, aresztowali ich dowódców, a żołnierzy albo wcielali do utworzonych przez Stalina jednostek Ludowego Wojska Polskiego, albo wywozili do obozów na tereny ZSRS.

Stolica Polski nie była objęta planem „Burza”. Kiedy jednak Armia Czerwona zbliżała się do Warszawy dowództwo Armii Krajowej podjęło decyzję o wywołaniu powstania. Powstanie Warszawskie wybuchło 1 sierpnia 1944 roku, i skończyło się po 63 dniach porażką.

Do grudnia 1944 ziemie polskie na wschód od Wisły były zajęte przez Armię Czerwoną. Stalin 31 grudnia powołał marionetkowy Rząd Tymczasowy Rzeczypospolitej Polskiej. W obliczu nowej, sowieckiej okupacji władze polskie w Londynie uznały konieczność reorganizacji struktur konspiracyjnych. Działania wobec sowieckiego okupanta i stworzonych przez niego władz komunistycznych wymagały innej strategii i metody działania. 19 stycznia 1945 roku formalnie rozwiązano Armię Krajową. Decyzja ta miała m.in. uniemożliwić Sowietom oskarżanie AK o wrogie działania i ściganie za przynależność do organizacji zbrojnej uznawanej prze Sowietów i podporządkowane im władze komunistyczne za nielegalną. Większość żołnierzy AK była stopniowo demobilizowna. Jednocześnie w konspiracji zaczęto tworzyć kadrowe struktury konspiracyjne przekształcone później w organizację Wolność i Niezawisłość.

Polityka niemiecka w stosunku do ludności podbitych ziem polskich cechowała się szczególną brutalnością i bezwzględnością. Niemal od pierwszych dni okupacji Niemcy zaczęli niszczyć polską inteligencję. Mordowano lub zsyłano do obozów koncentracyjnych ludzi nauki, nauczycieli, urzędników, przedwojennych polityków. Podobną politykę w tym samym czasie prowadzili Sowieci.

Jeszcze gorszy los Niemcy wyznaczyli ludności żydowskiej. Zaczęto gromadzić ją w wyznaczonych częściach miast, stopniowo oddzielając je murami i zasiekami, w ten sposób tworząc getta. Pozbawiano Żydów majątku, a przydziały kartek żywnościowych stopniowo były zmniejszane, tak że wielu umierało z niedożywienia i chorób. Polityka niemiecka jeszcze bardziej zbrutalizowała się po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej w czerwcu 1941 roku. Oddziały niemieckie na zdobywanych terenach dokonywały masowych mordów ludności żydowskiej.

Równolegle Niemcy rozpoczęli przygotowania do masowej eksterminacji Żydów. W końcu grudnia 1941 roku uruchomiono ośrodek zagłady Kulmhof (Chełmno nad Nerem). W styczniu 1942 roku Niemcy podjęły decyzję o „ostatecznym rozwiązaniu kwestii żydowskiej”. Oznaczało to, że wszyscy Żydzi mieli zostać wymordowani. W lipcu rozpoczęły się wywózki z getta warszawskiego do obozu zagłady w Treblince. Uruchamiano kolejne obozy śmierci, w tym Auschwitz II (Birkenau) i Sobibór. Izolowaniu Żydów towarzyszyło wprowadzenie przez Niemców kary śmierci dla Polaków, którzy ukrywaliby uciekinierów lub w inny sposób nieśli im pomoc.

Do komunikacji pomiędzy rządem na uchodźstwie a strukturami Polskiego Państwa Podziemnego wykorzystywano tajnych wysłanników. Emisariusze nie tylko przewozili dokumenty, ale również przekazywali ustne informacje i instrukcje od przywódców politycznych i wojskowych.

Jednym z takich emisariuszy był Jan Kozielewski, występujący pod konspiracyjnym nazwiskiem Jan Karski. Trzykrotnie realizował niebezpieczne misje z i do okupowanej Polski. Szczególnej wagi była jego ostatnia misja, z którą wyruszył jesienią 1942 roku. Przed wyjazdem z Warszawy Karski, oprócz rozmów z przywódcami polskich ugrupowań politycznych, spotkał się z przywódcami żydowskimi. Na ich prośbę dwukrotnie przekradł się do warszawskiego getta i do obozu w Izbicy, naocznie przekonując się o nieprawdopodobnych cierpieniach Żydów.

Raporty Polskiego Państwa Podziemnego, w tym świadectwo, które złożył Karski, stały się podstawą noty, którą polski minister spraw zagranicznych Edward Raczyński skierował 10 grudnia 1942 roku do państw sygnatariuszy Deklaracji Narodów Zjednoczonych. Nota jest prawdopodobnie pierwszym dokumentem międzynarodowym opisującym Holokaust i zawierającym wezwanie do wspólnych działań państw koalicji antyniemieckiej i ukarania winnych zbrodni. Nota Raczyńskiego została opublikowana jako broszura „The Mass Extermination of Jews in German Occupied Poland”, którą kolportowały polskie placówki dyplomatyczne.

22 lipca 1942 roku  rozpoczęła się likwidacja getta warszawskiego, największego getta żydowskiego założonego przez Niemców w okupowanej Polsce. Był to element akcji „Reinhard” czyli szeroko zakrojonego planu wymordowania Żydów na terenie Generalnego Gubernatorstwa oraz okręgu białostockiego.

Protest miał uwrażliwić Polaków – katolików na los Żydów i zachęcić ich do okazywania sprzeciwu wobec zbrodniczych działań realizowanych przez III Rzeszę. W warunkach terroru okupacyjnego było to niezwykle trudne, lecz skomplikowanie to wynikało również z przedwojennych relacji polsko-żydowskich. Żydzi, stanowiąc ok. 10 proc. polskiego społeczeństwa byli w II Rzeczypospolitej jedną z największych mniejszości etnicznych i religijnych. Wiele organizacji o charakterze narodowym i chadeckim używało antysemickich haseł, m.in. domagając się przymusowej emigracji Żydów do Palestyny. Polskie ugrupowania wywodzące się z Narodowej Demokracji postulowały ograniczanie praw Żydów, nigdy jednak nie domagały się ich fizycznej eksterminacji. Front Odrodzenia Polski, będący kontynuacją przedwojennej Akcji Katolickiej, współzałożony przez Zofię Kossak-Szczucką nie zwalczał uprzedzeń wobec Żydów, był jednak przerażony niemiecką ludobójczą wersją antysemityzmu. Front Odrodzenia Polski jak również wiele innych środowisk prawicowych, niewolnych od antyżydowskich uprzedzeń, w obliczu bezprecedensowego wydarzenia jakim była Zagłada współorganizowało akcje pomocy Żydom. Sama Zofia Kossak-Szczucka, 27 września 1942 roku znalazła się wśród założycieli konspiracyjnego Tymczasowego Komitetu Pomocy Żydom „Żegota” – wspólnego przedsięwzięcia organizacji prawicowych i lewicowych pod auspicjami Polskiego Państwa Podziemnego. W 1982 roku Zofia Kossak-Szczucka została pośmiertnie uhonorowana tytułem „Sprawiedliwy wśród Narodów Świata”.

W obliczu internowania, uniemożliwiającego pełnienie stanowiska, prezydent postanowił, zgodnie z zapisami Konstytucji RP z 1935 r., wyznaczyć swojego następcę na czas wojny. Został nim gen. Bolesław Wieniawa-Długoszowski, ambasador RP we Włoszech. Przeciwko temu wyborowi zaprotestowały jednak władze francuskie i brytyjskie, co groziło poważnym kryzysem politycznym. W obliczu tego Mościcki zmienił swoją decyzję i wyznaczył na swojego następcę Władysława Raczkiewicza. Ten zaś powierzył misję tworzenia nowego rządu gen. Władysławowi Sikorskiemu, reprezentantowi przedwojennej opozycji. Dzięki temu nowy premier nie kojarzył się z poniesioną porażką, ale był zarazem człowiekiem znanym zarówno w Polsce, jak i zagranicą, oraz cieszącym się zaufaniem aliantów.

Sikorski stworzył rząd jedności narodowej, do którego weszli przedstawiciele Sanacji, jak i opozycji – socjalistów, chadeków, ludowców i nacjonalistów. Odezwa z 6 października 1939 roku była niezwykle istotnym, symbolicznym znakiem tego, że pomimo klęski ciągłość legalnej władzy polskiej została zachowana. Nowy rząd konsekwentnie zadeklarował gotowość kontynuowania walki z Niemcami u boku Wielkiej Brytanii i Francji, a jednocześnie wszyscy Polacy wezwani zostali w niej do dalszej walki. Na to wezwanie Polacy odpowiedzą zgłaszając się do jednostek Wojska Polskiego tworzonych na terenie państw sprzymierzonych, jak i organizując ruch oporu w kraju.